湿地中生存着形形色色的生物，是一个自然和谐的大家庭。在这个大家庭中，微生物虽然不起眼，却是湿地生态系统中不可或缺的组成部分。微生物参与了湿地生态系统中碳、硫、氮、磷、氧、氢和铁等物质的转化和循环过程，微生物在纤维素降解、氮的固定和某些特殊化合物的分解过程中起重要作用。湿地微生物主要包括菌类、藻类和原生动物等。
硫酸还原孤菌是湿地细菌中的代表，它广泛存在于湿地土壤中，尤其是泥滩土或湖沼的淤泥中，它们可以将铁等金属腐蚀，也可将硫酸盐还源成硫化氢，硫化氢可以杀死周围环境中大量的需氧微生物，并影响淡地土壤中氧化物的消耗，因此，这种细菌可以有效反映湿地的状态。固氮细菌也地中非常重要的微生物，它们可以将大气中的氮气还原成氨。由于其他生物都不能直接利用氮气，而固氮细菌可以将氮气转化成铵盐固安在土壤中，然后铵盐植物吸收，并进一步转化成蛋白质等有机氮，进而被动物或人类吸收利用，所以这类微生物对于氮循环意义重大。据估算，每年生物固氮的总量约占地球上自然固氮总量的90%。
湿地中的藻类是湿地生态系统中重要的生产者，主要包括蓝藻、绿藻、硅藻、金藻和裸藻等，它们在湿地中发挥着重要作用。湿地藻类不但可以积累有机物质，增加土壤、水体中的含氧量，防止营养流失，还能减少土壤的侵蚀，同时也是鱼类的重要食物。很多藻类可以直接入药，例如海带、裙带菜可以防治甲状腺肿大；从褐藻中提取的藻胶酸盐可作为制造牙模和止血药物的原料。还有些藻类可以作为工业材料，如红藻中提取的琼胶可以作为凝固剂和软糖、酿酒的澄清剂等。藻类也会给我们带来一些烦恼，当水体中的营养物质含量过高，就会引发藻类和其他浮游生物的迅速繁殖，引发水华或赤潮，使水质恶化，造成鱼虾等死亡；并且水华或赤潮发生时，一些有毒藻类大量繁殖，会释放大量的毒素，从而威胁人身安全健康。
湿地中的原生动物包括纤毛虫，变形虫等，这些原生动物广泛生长在有机质丰富的水体、沼泽、海洋等地。它们虽然体型微小，难以观察，但却与人类关系密切。如草履虫能吞食细菌，净化污水；痢原虫、痢疾内变形虫会使人类患上痢疾等。原生动物因其存在广泛、易采集且对污染敏感，被广泛用来指示湿地生态系统的营养状况和污染程度。
湿地是世界上生物多样性最丰富的地区之一，蕴藏着丰富的生物资源。这些湿地生物不仅为人们提供食物、材料、能源，还在保持土壤肥力、净化水质、调节气候中发挥重要作用。湿地对于人类未来的生存与发展起着重要作用。尤其是在全球性资源短缺的今天，湿地的地位愈加突显。所以保护湿地、保护湿地生物就是保护人类自己。(文章来源于《认识湿地》)